تجزیه ساختار و تنوع ژنتیکی ارقام جو با استفاده از نشانگرهای اس.ان.پی

جو یکی از مهم‌ترین گیاهان خانواده غلات است و از نظر اهمیت اقتصادی در مقام چهارم دنیا قرار گرفته است. وجود تنوع ژنتیکی اساس برنامه‌های اصلاحی است و برای بهبود گیاهان زراعی ضروری است. نشانگرهای اس.ان.پی به دلیل فراوانی زیاد در ژنوم یکی از بهترین نشانگرها برای مطالعه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت است. در این مطالعه 100 رقم جو پاییزه با استفاده از 3964 نشانگر اس.ان.پی با MAF بیشتر از ده درصد مورد ارزیابی قرار گرفت. دامنه شاخص PIC در کل جمعیت از 0.19 تا 0.5 با میانگین 0.39بود. مقدار این شاخص برای اغلب نشانگرها (3352 نشانگر) بیشتر از 0.25 بود. میانگین شاخص PIC بر روی کروموزوم‌های مختلف از 0.37 (کروموزوم‌های شماره 2 و 5) تا 0.42(کروموزوم‌های شماره 3 و 7) متغیر بود. تعیین ساختار جمعیت نشان داد که ژنو تیپ‌ها بر اساس نشانگرهای مورد استفاده در دو زیرگروه قرار می‌گیرند که با مورفولوژی دوردیفه یا شش ردیفه بودن سنبله مطابقت داشت. تجزیه واریانس مولکولی و تعیین شاخص Fst در نواحی از ژنوم که باعث تمایز دو زیرجمعیت شده‌اند، نشان داد این مناطق ژنومی با ژن‌های کنترل‌کننده مورفولوژی سنبله هم‌مکان هستند. میانگین عدم تعادل لینکاژی با افزایش فاصله ژنتیکی کاهش یافت و در داخل زیرگروه‌ها بیشتر از عدم تعادل موجود در کل جمعیت بود. عدم تعادل ژنتیکی در ارقام شش ردیفه نسبت به ارقام دو ردیفه روند کاهشی سریع‌تری داشت. این پژوهش نشان داد تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه‌ای در ارقام جو پاییزه وجود دارد و می‌توان از آن در برنامه‌های اصلاحی استفاده کرد.